فایل سیستم در یک سیستم عامل به ساختارکلی نامگذاری , ذخیره سازی و سازمان دهی فایل ها گفته میشود.هر فایل سیستم از فایل ها , دایرکتوری ها یا فلدرها ,و اطلاعات لازم برای پیدا کردن و دستیابی به فایل ها تشکیل می شود.این واژه همچنین به قسمتی از یک سیستم عامل اطلاق میشود که در خواست های یک برنامه کاربردی را برای انجام عملیات بر روی فایل ها به کارهای سطح پایین و سکتورگرایی تبدیل میکند که راه اندازهای کنترل کننده دیسک گرداننده ها قادر به تشخیص آنها می باشند

انواع فایل سیستم رایج عبارتند از
FAT(FAT 16)
FAT32
NTFS

FAT)File Allocation Table)
یک ساختار داده ای است که داس (DOS) به هنگام فرمت شدن دیسک ایجاد میکند.وقتی داس فایلی را در یک دیسک فرمت شده ایجاد میکند , سیستم عامل اطلاعات مربوط به فایل ذخیره شده را در FAT نگه می دارد تا داس (DOS) بتواند در آینده فایل را در صورت درخواست بازیابی نماید
FAT به دو نوع FAT16 و FAT 32 موجود است که fat 16 به FAT معروف است
FAT تنها فایل سیستمی است که داس (DOS) میتواند بکارببرد
داس و ویندوز از این سیستم فایل حمایت می کند
دارای file/folder level security نمی باشد

FAT32
نسخه بعد از 95 R2 از FAT32 حمایت میکند
بیشترین سایزی که میتوان برای این سیستم فایل معین کرد 32 GB است
از file/folder level security حمایت میکند

NTFS) New Technology File System)
فایل سیستم پیشرفته ای که خصوصا برای استفاده با سیستم عامل ویندوز NT طراحی شده است.
این فایل سیستم از نام های طولانی برای فایل ها , کنترل امنیت دستیابی به فایل ها , ترمیم فایل سیستم , ذخیره سازی در رسانه های بزرگ پشتیبانی میکند
این فایل سیستم با فایل ها به گونه ای برخورد میکند که گویی شی هایی هستند که با صفحات مشخصه کاربر و سیستم تعریف شده اند.این امر امکان پشتیبانی از برنامه های کاربردی شی گرا را فراهم میکنند.

از ویندوز NT 4.0 به بعد را حمایت میکنند.
بیشترین سازی که میتوان برای این سیستم فایل معین کنیم 16 EB است
از file or folder level security حمایت می کند
از compression , Encryption , Disk Quota و Mounted Volums حمایت میکند

File Level Security
به منظور حفاظت فایلها از کاربران غیرمجاز در ورود محلی جلوگیری به عمل می آورد

Compression ( فشرده سازی )
فشرده سازی داده ها روشی برای کاهش فضا یا پهنای باند مورد نیاز جهت ذخیره سازی یا انتقال بلوکی از داده ها , انتقال نمابر , ذخیره سازی و انتقال فایل مورد استفاده قرار میگیرد

Encryption( رمز گذاری )
EFS) Encryption File System) فرآیند کدبندی داده ها جهت جلوگیری از دستیابی غیرمجاز , به ویژه  در طی انتقال
رمزگذاری معمولا براساس یک یا چند کلید انجام می شود که برای رمزکشایی , یا بازگرداندن داده ها به فرم نخست , ضروری هستند

Disk Quota
به منظور کنترل استفاده فضای دیسک کاربران جعت ذخیره کردن فایل ها و پوشه ها در سرور بکار می رود